本发明提供的基于复修正比例差函数同步的混沌通信方法和系统，当混沌信号较小时，通过调整比例矩阵就可以实现对混沌信号幅值的调整，以对明文进行更好地掩盖。并且，根据所述滤波信号和所述第二耦合函数设计具有鲁棒性的控制器，以保证复修正比例差函数同步，这个同步使得误码率理论上为零。此外，复修正比例差函数同步不需要发送端和接收端完全一致，只需要在控制器的作用下实现复修正比例差函数同步即可，解决了现有技术中存在的接收端和发送端系统结构完全一致的弊端，简化了通信系统的结构要求。