本发明公开一种基于纳米金属的嵌入式三维互连结构制备方法，采用多片带孔洞或空腔的玻璃片粘合，形成具有三维空腔的基板结构；再通过点胶装置将纳米金属膏对三维空腔进行填充；填充完毕后，使用激光对三维空腔内的纳米金属进行定向烧结成型；最后对基板结构进行湿法清洗，去除残留纳米金属颗粒。本发明形成三维空腔的基板结构并采用纳米金属填充，然后烧结形成嵌入式三维互连的导体结构，无需采用电镀铜的方式，避免造成对环境的污染。